Detekce vyhoření motoru se provádí pomocí senzoru zrychlení. Samotné surové zrychlení nemůže rozlišit tah od odporu, takže Jupiter také používá orientaci, kterou naměřil při stání na startovací plošině, aby věděl, kterým směrem je zainstalován ve vaší raketě. To znamená, že jej lze namontovat pod jakýmkoli úhlem, v jakékoli orientaci a detekce vyhoření funguje identicky.
Jakmile je start detekován, Jupiter se vrací do své zaznamenané historie na moment těsně předtím, než se motor zapálil, když byl stroj stále dokonale v klidu na startovací plošině. V klidu akcelerometr pociťuje přesně 1 g a směr tohoto 1 g říká Jupiteru, kterým směrem směřuje „podél rakety" relativně k jeho vlastnímu tělu. Tento směr je uložen a zmrazen po celý let. Protože se pohybuje se zařízením, tah vždy vzniká jako kladný podél něj a odpor vždy jako záporný, bez ohledu na to, kterým směrem raketa míří nebo jak se prohýbá. Postoj rakety nikdy nevstupuje do výpočtu.
Primární metoda detekce sleduje zrychlení podél tohoto uloženého směru. Během hoření motoru je silně kladné; v okamžiku, kdy tah skončí, zůstane pouze odpor a jde do záporu. Tato změna znaménka je vyhoření a je jednoznačná, takže každý přechod je zaznamenán jako bod vyhoření s časovým razítkem umístěným v okamžiku, kdy se přechod skutečně stalo, spíše než v okamžiku, kdy Jupiter skončil s jeho potvrzením. Když se tah vrátí, zaznamenává se jako zapálení další stupně a metoda se znovu připraví na další vyhoření.
Některé vícestupňové lety nikdy neukáží tuto změnu znaménka. Při konfiguraci vícestupňového startu s nulovou prodlevou zapálí náboj pro vysunutí haubitky tah udržovače, když zbytková tlak stále vylétá ze spotřebovaného motoru, takže zrychlení se sníží, ale nikdy nezajde do záporu. Sekundární metoda to zachytí: Jupiter nepřetržitě porovnává průměrný tah z chvíle před tím s tahem právě teď a výrazný trvalý pokles následovaný výrazným trvalým vzestupem je podpisem jednoho motoru umírajícího, když je druhý převzat. Motory nikdy nezískávají tah na konci svého spalování, takže tento tvar může znamenat pouze vícestupňovost. Vyhoření je označeno časovým razítkem v nejnižším bodě poklesu a zapálení tam, kde začíná vzestup. Oběma metodami Jupiter zaznamená až pět bodů vyhoření a zapálení za let a detekce vyhoření končí v apogeu.