A detecção de burnout é realizada usando o sensor de aceleração. Por si só, a aceleração bruta não consegue diferenciar thrust de drag, então o Jupiter também usa a orientação que mediu enquanto estava no pad para saber de qual forma está instalado no seu foguete. Isso significa que pode ser montado em qualquer ângulo, em qualquer orientação, e a detecção de burnout funciona de forma idêntica.
Assim que o lançamento é detectado, o Jupiter olha para trás em seu histórico gravado até o momento imediatamente antes do motor acender, quando o foguete ainda estava perfeitamente em repouso no pad. Em repouso, o acelerômetro sente exatamente 1 g, e a direção desse 1 g diz ao Jupiter qual direção "ao longo do foguete" aponta em relação ao seu próprio corpo. Essa direção é armazenada e congelada para todo o voo. Como viaja com o dispositivo, o thrust sempre é lido como positivo ao longo dela e o drag sempre é lido como negativo, não importa para qual direção o foguete está apontando ou como ele se curva. A atitude do foguete nunca entra no cálculo.
O método primário de detecção monitora a aceleração ao longo dessa direção armazenada. Enquanto o motor queima, ela é fortemente positiva; no instante em que o thrust termina, apenas o drag permanece e fica negativo. Essa mudança de sinal é burnout, e é unambígua, então cada cruzamento é registrado como um ponto de burnout, com o timestamp colocado no momento em que o cruzamento realmente aconteceu, em vez do momento em que o Jupiter terminou de confirmá-lo. Quando o thrust retorna, isso é registrado como o próximo estágio acendendo, e o método se recarrega para o próximo burnout.
Alguns voos em estágios nunca mostram essa mudança de sinal. Com uma configuração de staging com zero-delay, a carga de ejeção do booster acende o sustainer enquanto a pressão residual ainda está sendo impulsionada para fora do motor gasto, então a aceleração cai mas nunca fica negativa. Um método secundário detecta esses casos: o Jupiter compara continuamente o thrust médio de um momento atrás contra o thrust agora, e uma queda significativa sustentada seguida por um aumento significativo sustentado é a assinatura de um motor morrendo enquanto o próximo assume. Motores nunca ganham thrust no final de sua queima, então essa forma só pode significar staging. O burnout é marcado com timestamp no ponto mais baixo do vale e a ignição onde o aumento começa. Entre os dois métodos, o Jupiter registra até cinco eventos de burnout e ignição por voo, e a detecção de burnout termina no apogeu.