La detección de burnout se realiza usando el sensor de aceleración. Por sí solo, la aceleración sin procesar no puede distinguir entre empuje y resistencia aerodinámica, así que Jupiter también utiliza la orientación que midió mientras estaba en la plataforma de lanzamiento para saber de qué manera está instalado en tu cohete. Esto significa que puede montarse en cualquier ángulo, en cualquier orientación, y la detección de burnout funciona de manera idéntica.
Una vez que se detecta el lanzamiento, Jupiter revisa su historial grabado hasta el momento justo antes de que se encendiera el motor, mientras el cohete aún estaba perfectamente en reposo en la plataforma. En reposo, el acelerómetro siente exactamente 1 g, y la dirección de ese 1 g le indica a Jupiter hacia dónde apunta "a lo largo del cohete" en relación con su propio cuerpo. Esa dirección se almacena y se congela durante todo el vuelo. Como viaja con el dispositivo, el empuje siempre se lee como positivo a lo largo de ella y la resistencia siempre se lee como negativa, sin importar hacia dónde apunte el cohete o cómo se arquee. La actitud del cohete nunca entra en el cálculo.
El método de detección principal observa la aceleración a lo largo de esa dirección almacenada. Mientras el motor quema es fuertemente positiva; en el instante en que termina el empuje, solo queda la resistencia y se vuelve negativa. Ese cambio de signo es burnout, y es inequívoco, así que cada cruce se registra como un punto de burnout, con la marca de tiempo colocada en el momento en que el cruce realmente ocurrió en lugar del momento en que Jupiter terminó de confirmarlo. Cuando regresa el empuje, se registra como el siguiente motor encendiéndose, y el método se arma nuevamente para el próximo burnout.
Algunos vuelos escalonados nunca muestran ese cambio de signo. Con una configuración de escalonamiento de retardo cero, la carga de eyección del propulsor enciende el sustentador mientras la presión residual aún empuja hacia afuera del motor agotado, así que la aceleración disminuye pero nunca se vuelve negativa. Un método secundario captura estos: Jupiter compara continuamente el empuje promedio de hace un momento contra el empuje en este momento, y una caída sostenida significativa seguida de un aumento sostenido significativo es la firma de un motor muriendo mientras el siguiente toma el control. Los motores nunca ganan empuje al final de su combustión, así que esta forma solo puede significar escalonamiento. El burnout se marca con la hora en el punto más bajo de la caída y el encendido donde comienza el aumento. Entre los dos métodos, Jupiter registra hasta cinco eventos de burnout e ignición por vuelo, y la detección de burnout termina en el apogeo.