Detekcja spalenia się paliwa jest wykonywana za pomocą czujnika przyspieszenia. Sam surowy sygnał przyspieszenia nie potrafi rozróżnić ciągu od oporu aerodynamicznego, dlatego Jupiter wykorzystuje orientację, którą zmierzył na stanowisku startowym, aby wiedzieć, w jaki sposób jest zainstalowany w twojej rakiecie. Oznacza to, że może być zamontowany pod dowolnym kątem, w dowolnej orientacji, a detekcja spalenia się paliwa działa identycznie.
Po wykryciu startu Jupiter przegląda swoją zarejestrowaną historię do momentu tuż przed zapaleniem silnika, gdy rakieta wciąż spoczywała na stanowisku. W spoczynku akcelerometr czuje dokładnie 1 g, a kierunek tego 1 g mówi Jupiterowi, w którą stronę wskazuje „wzdłuż rakiety" względem jego własnej konstrukcji. Ten kierunek jest przechowywany i zamrażany na cały lot. Ponieważ porusza się razem z urządzeniem, ciąg zawsze pokazuje się jako dodatni wzdłuż niego, a opór zawsze jako ujemny, niezależnie od tego, w którą stronę wskazuje rakieta lub jak się wygina. Orientacja rakiety nigdy nie wchodzi w obliczenia.
Główna metoda detekcji obserwuje przyspieszenie wzdłuż tego przechowywanego kierunku. Podczas spalania się silnika jest ono zdecydowanie dodatnie; w chwili gdy ciąg się kończy, pozostaje tylko opór i przychodzi ujemny. Ta zmiana znaku to spalenie się paliwa, i jest jednoznaczna, dlatego każde skrzyżowanie jest rejestrowane jako punkt spalenia się paliwa, przy czym znacznik czasu umieszczony jest w momencie, gdy skrzyżowanie faktycznie nastąpiło, a nie w momencie, gdy Jupiter skończył to potwierdzać. Gdy ciąg powraca, jest to rejestrowane jako zapalenie następnego stopnia, i metoda ponownie się uzbrajania do następnego spalenia się paliwa.
Niektóre loty wielostopniowe nigdy nie wykazują tej zmiany znaku. W konfiguracji serii o zerowym opóźnieniu ładunek wyrzutowy boostera zapala silnik wtórny, gdy residualne ciśnienie wciąż wydziela się z wyczerpującego się silnika, więc przyspieszenie spada, ale nigdy nie staje się ujemne. Druga metoda wychwytuje takie przypadki: Jupiter ciągle porównuje średni ciąg sprzed chwilą z ciągiem w tej chwili, a znaczące utrzymujące się spadki następowane przez znaczące utrzymujące się wzrosty to sygnatura jednego silnika umierającego, gdy następny przejmuje. Silniki nigdy nie zwiększają ciągu pod koniec spalania się, więc ten kształt może oznaczać tylko szeregowanie. Spalenie się paliwa jest oznaczane czasem w najniższym punkcie spadku, a zapalenie tam, gdzie rozpoczyna się wzrost. Przy obu metodach Jupiter rejestruje do pięciu zdarzeń spalenia się i zapalenia na lot, a detekcja spalenia się paliwa kończy się na apogeum.