Burnout-detectie wordt uitgevoerd met behulp van de acceleratiesensor. Op zichzelf kan ruwe versnelling stuwkracht niet van weerstand onderscheiden, dus Jupiter gebruikt ook de oriëntatie die het heeft gemeten terwijl het op het startplatform stond om te weten in welke richting het in je raket is geïnstalleerd. Dit betekent dat het onder elke hoek en in elke oriëntatie kan worden gemonteerd, en burnout-detectie werkt identiek.
Zodra de lancering wordt gedetecteerd, kijkt Jupiter terug in zijn opgenomen geschiedenis naar het moment net voordat de motor ontstak, terwijl de raket nog steeds perfect in rust op het startplatform lag. In rust voelt de versnellingsmeter precies 1 g, en de richting van die 1 g vertelt Jupiter welke kant "langs de raket" wijst ten opzichte van zijn eigen lichaam. Die richting wordt opgeslagen en bevroren voor de hele vlucht. Omdat het met het apparaat meebeweegt, leest stuwkracht altijd als positief langs die richting en weerstand altijd als negatief, ongeacht welke kant de raket op wijst of hoe deze buigt. De houding van de raket speelt geen rol in de berekening.
De primaire detectiemethode volgt de versnelling langs die opgeslagen richting. Terwijl de motor brandt is deze sterk positief; op het moment dat de stuwkracht eindigt, blijft alleen weerstand over en wordt deze negatief. Deze tekenverandering is burnout, en deze is ondubbelzinnig, dus elke kruising wordt geregistreerd als een burnout-punt, met het tijdstempel op het moment dat de kruising daadwerkelijk plaatsvond in plaats van op het moment dat Jupiter het beëindigde te bevestigen. Wanneer stuwkracht terugkeert, wordt dit geregistreerd als het volgende stadium dat ontsteken wordt, en de methode stelt zich gereed voor de volgende burnout.
Sommige getrapte vluchten vertonen die tekenverandering nooit. Bij een zero-delay-trapindeling ontsteken de uitwerpstoffen van de booster de sustainer terwijl er nog steeds restdruk uit de verbruikte motor wordt uitgestoten, dus de versnelling daalt maar wordt nooit negatief. Een secundaire methode vangt deze op: Jupiter vergelijkt voortdurend de gemiddelde stuwkracht van even geleden met de stuwkracht nu, en een aanzienlijke daling gevolgd door een aanzienlijke stijging is het handschrift van de ene motor die sterft terwijl de volgende het overneemt. Motoren winnen nooit stuwkracht aan het einde van hun verbranding, dus deze vorm kan alleen trapping betekenen. De burnout wordt met een tijdstempel voorzien op het laagste punt van de dip en de ontsteken waar de stijging begint. Met beide methoden registreert Jupiter tot vijf burnout- en ontstekingsgebeurtenissen per vlucht, en burnout-detectie eindigt bij apogeum.