La détection de fin de combustion est effectuée à l'aide du capteur d'accélération. À lui seul, l'accélération brute ne peut pas distinguer la poussée de la traînée, donc Jupiter utilise également l'orientation qu'il a mesurée en reposant sur la rampe de lancement pour savoir comment il est installé dans votre fusée. Cela signifie qu'il peut être monté à n'importe quel angle, dans n'importe quelle orientation, et la détection de fin de combustion fonctionne de manière identique.
Une fois le décollage détecté, Jupiter regarde en arrière dans son historique enregistré jusqu'au moment juste avant l'allumage du moteur, alors que la fusée était encore parfaitement au repos sur la rampe. Au repos, l'accéléromètre ressent exactement 1 g, et la direction de ce 1 g indique à Jupiter quelle direction « le long de la fusée » pointe par rapport à son propre corps. Cette direction est stockée et figée pour tout le vol. Parce qu'elle voyage avec l'appareil, la poussée lit toujours comme positive le long de celle-ci et la traînée lit toujours comme négative, peu importe la direction vers laquelle pointe la fusée ou comment elle s'incurve. L'attitude de la fusée n'entre jamais dans le calcul.
La méthode de détection principale surveille l'accélération le long de cette direction stockée. Pendant que le moteur brûle, elle est fortement positive ; l'instant où la poussée s'arrête, seule la traînée reste et elle devient négative. Ce changement de signe est la fin de combustion, et c'est sans équivoque, donc chaque croisement est enregistré comme un point de fin de combustion, avec l'horodatage placé au moment où le croisement s'est réellement produit plutôt qu'au moment où Jupiter a fini de le confirmer. Quand la poussée revient, c'est enregistré comme l'étage suivant s'allumant, et la méthode se réarme pour la prochaine fin de combustion.
Certains vols en étages n'affichent jamais ce changement de signe. Avec un système de décollage à délai zéro, la charge d'éjection du premier étage allume le deuxième étage alors que la pression résiduelle sort toujours du moteur épuisé, donc l'accélération diminue mais ne devient jamais négative. Une méthode secondaire détecte ces cas : Jupiter compare en continu la poussée moyenne d'il y a un moment à la poussée maintenant, et une baisse importante et soutenue suivie d'une augmentation importante et soutenue est la signature d'un moteur qui meurt alors que le suivant prend le relais. Les moteurs ne gagnent jamais de poussée à la fin de leur combustion, donc cette forme ne peut signifier que du décollage en étages. La fin de combustion est horodatée au point le plus bas de la baisse et l'allumage où la montée commence. Combinées, les deux méthodes enregistrent jusqu'à cinq événements de fin de combustion et d'allumage par vol, et la détection de fin de combustion se termine à l'apogée.