Die Brennschluss-Erkennung wird mit dem Beschleunigungssensor durchgeführt. Allein die Rohbeschleunigung kann Schub nicht von Luftwiderstand unterscheiden, daher nutzt Jupiter auch die Orientierung, die es gemessen hat, während es auf der Startrampe stand, um zu wissen, wie es in Ihrer Rakete installiert ist. Das bedeutet, dass es in jedem Winkel und in jeder Orientierung montiert werden kann, und die Brennschluss-Erkennung funktioniert identisch.
Sobald der Start erkannt wird, blickt Jupiter auf seine aufgezeichnete Historie zurück zum Moment unmittelbar bevor der Motor gezündet wurde, während die Rakete noch perfekt ruhig auf der Startrampe stand. Im Ruhezustand spürt der Beschleunigungsmesser genau 1 g, und die Richtung dieser 1 g teilt Jupiter mit, welcher Weg „entlang der Rakete" relativ zu seinem eigenen Körper zeigt. Diese Richtung wird für den gesamten Flug gespeichert und eingefroren. Da sie mit dem Gerät mitfährt, wird der Schub immer als positiv entlang dieser Richtung gemessen und der Luftwiderstand immer als negativ, unabhängig davon, in welche Richtung die Rakete zeigt oder wie sie sich biegt. Die Fluglage der Rakete spielt keine Rolle in der Berechnung.
Die primäre Erkennungsmethode beobachtet die Beschleunigung entlang dieser gespeicherten Richtung. Während der Motor brennt, ist sie stark positiv; in dem Moment, in dem der Schub endet, bleibt nur noch der Luftwiderstand und er wird negativ. Dieser Vorzeichenwechsel ist Brennschluss, und er ist eindeutig, daher wird jeder Übergang als Brennschluss-Punkt protokolliert, mit dem Zeitstempel im Moment, in dem der Übergang tatsächlich stattfand, anstatt im Moment, in dem Jupiter die Bestätigung abschloss. Wenn der Schub zurückkehrt, wird dies als nächste Stufe gezündet protokolliert, und die Methode bewaffnet sich neu für den nächsten Brennschluss.
Einige mehrstufige Flüge zeigen diesen Vorzeichenwechsel nie. Bei einem Zero-Delay-Staging-Setup zündet die Auswurfladung des Boosters den Sustainer, während Restdruck noch aus dem verbrauchten Motor ausströmt, daher sinkt die Beschleunigung ab, wird aber nie negativ. Eine sekundäre Methode fängt diese ab: Jupiter vergleicht kontinuierlich den durchschnittlichen Schub von vor einem Moment mit dem Schub gerade eben, und ein signifikanter anhaltender Rückgang gefolgt von einem signifikanten anhaltenden Anstieg ist die Signatur eines Motors, der endet, während der nächste übernimmt. Motoren gewinnen niemals Schub am Ende ihres Brennvorgangs, daher kann diese Form nur Staging bedeuten. Der Brennschluss wird zum tiefsten Punkt des Rückgangs zeitgestempelt und die Zündung dort, wo der Anstieg beginnt. Mit beiden Methoden zusammen zeichnet Jupiter bis zu fünf Brennschluss- und Zündereignisse pro Flug auf, und die Brennschluss-Erkennung endet bei Apogäum.